Mikkelin Tuomiokirkko rakennettiin kaupunkilaisten käyttöön vuonna 1897. Sitä ennen koko pitäjän väki oli käynyt nykyisessä maaseurakunnan kirkossa.

Kaupunkilaisten ja pitäjäläisten välille syntyi useita kiistoja mm. kirkon istumajärjestyksestä ja hautausmaan käytöstä 1800-luvun loppupuoliskolla ja lopulta päädyttiinkin erillisen kaupunkiseurakunnan ja kirkon rakentamiseen. Kirkon suunnitteli J. Stenbäck. Paikaksi kaavailtiin mm. Naisvuorta, Kirkkopuistoa (Engelin asemakaavassa kirkko oli suunniteltu puistoon) ja Hallitustoria. Ristimäki voitti, koska sieltä kirkko näkyi kauas ja sijoittui hyvin kaupunkikuvaan.

Kirkko edustaa uusgoottilaista rakennustyyliä ja se rakennettiin tiilestä ja puusta. Miltei kaikki silloiset kaupunkilaiset mahtuivat kerralla kirkkoon. Kirkon alttaritaulun ”Jeesus ristillä” maalasi Pekka Halonen. Kirkon torni ulottuu 64 metrin korkeuteen.

Mikkelin kaupunkiseurakunta aloitti omana seurakuntanaan vuonna 1908. Sodan seurauksena Viipurin hiippakunta siirtyi Mikkeliin vuonna 1945. Piispanistuimen myötä kaupunginkirkosta tuli tuomiokirkko ja se muokattiin arvonsa mukaiseen asuun 1950-luvulla. Kirkkosalin ilme muuttui täysin funkisarkkitehti Martti Välikankaan käsittelyssä. Puinen saarnastuoli purettiin ja tilalle tuli pelkistettyä tyyliä. Hiippakunnan ykköskirkon tunnuksiksi Antti Salmenlinna suunnitteli Paavali Juusteenia ja Mikael Agricolaa sekä Pyhää Mikaelia esittävät lasimaalaukset.